Após incluir a prototype e testar a página, percebi que um erro de JavaScript estava ocorrendo, no começo achei que a causa do erro era em razão de uma função – usando a prototype – que eu tinha acabado de fazer, mas depois usando o bem dito firebug e fazendo alguns debugs, percebi que o erro era mesmo em um conflito entre a jQuery e a prototype.

O problema ocorre, pois as duas bibliotecas fazem o uso da função “$()” para acessar as suas funções, o que acaba gerando o conflito.

A biblioteca jQuery fornece algumas maneiras de resolver isso, mas todas giram em torno da função jQuery.noConflict(). A solução que oferece o maior custo x benefício na minha opinião, é a que eu não preciso alterar os meus métodos já existentes, ou seja, não precisaria ter que fazer isso:

var $j = jQuery.noConflict();
$j("div").hide();

No caso acima, se eu já tivesse N funções usando jQuery, eu precisaria fazer uma refatoração do meu código para mudar o método “chamador” das minhas funções de $() para $j(), isso geraria algum tempo perdido com muitas mudanças e muitos testes. A solução que encontrei pede apenas para que as funções fiquem dentro da document ready area da jQuery, então ficaria mais ou menos assim:

<script src="prototype.js"></script>
   <script src="jquery.js"></script>
   <script>
     jQuery.noConflict();
 
     // Put all your code in your document ready area
     jQuery(document).ready(function($){
       // Do jQuery stuff using $
       $("div").hide();
     });
 
     // Use Prototype with $(...), etc.
     $('someid').hide();
 </script>

Da maneira acima eu não precisaria mudar nenhuma função já existente, bastaria apenas incluí-las dentro do bloco indicado.

Segundo a documentação, essa seria a solução mais adequada na maioria dos casos.